Pada awalnya ponpes Ma’had Madinatuddiniyah Nurul Musthofa adalah sebuah majlis ta’lim yang di asuh oleh ust Tgk Muhammad Yahya Muda Harahap yang merupakan alumni dari dayah Al-Madinatuddiniyah Babusalam blang bladeh Bireun NAD dan Ma’had Menzil Adyaman Turki. Majelis ta’lim tersebut memiliki kegiatan antara lain, mengadakan majelis ilmu,majelis dzikir, bakti sosial dan Pembinaan rohani untuk masyarakat dan para remaja di mesjid-mesjid, surau dan rumah-rumah penduduk pada tahun 2012 yang memiliki jangkauan dakwa di wilayah Sumatra Utara.Setelah kegiatan tersebut berjalan selama setahun, maka di dirikan pondok pesantren Madinatuddiniyah Nurul Musthofa (MANUFA) bersama jama’ah pengajian pada tanggal 15 mei 2013. Alhamdulillah saat ini ponpes Madinatuddiniyah Nurul Musthofa (MANUFA) sudah memiliki tempat dan bangunan yang di bangun secara mandiri yang merupakan bagian dari waqaf, zakat, infak dan shadaqah kaum muslimin yang beralamat di jalan Tanjung Amis dusun I desa Sei Baharu kecamatan Hamparan Perak
Alhamdulillah saat ini Ponpes Madinaiddiniyah Nurul Musthofa telah menampung santriwan dan santriwati para penghafal gur’an dan mempelajari hukum-hukum Islam sebanyak 53 orang, dan kebanyakan mereka adalah anak yatim dan kaum dhuafa yang mempunyai semangat tinggi untuk belajar agama dan ilmu yang bermanfaat yang kami rekrut dari beberapa daerah dan provinsi.
Selain ilmu agama kami melihat kurangnya pendukung belajar di zaman sekarang ini, terutama dari sudut informasi digital. Seperti Fasilitas Internet merupakan sarana pendukung di era transformasi digital. Dengan fasilitas internet itu, diharapkan para santri mengakses informasi tentang ilmu pengetahuan secara mudah. Maka dari itu bantuan sarana belajar tersebut sangat diharapkan dalam membantu para santri agar lebih baik lagi system pembelajarannya.
Program Pendidikan yang diselelnggarakan dan yang akan diselenggarakan
Menciptakan generasi yang berakhlagul karimah dan berilmu pengetahuan yang bermanfaat, cinta kepada agama, bangsa dan Negara. Serta memiliki gairah dalam menyebarkan faham Ahlu Sunnah Wal Jama’ah dimanapun berada.
Ponpes Madinatuddiniyah Nurul Musthofa menyelenggarakan pendidkan berupa pendidikan dayah tradisional sebagai mana lazimnya di dayah-dayah di Nangroe Aceh Darussalam yang mengadopsi pemahaman Kitab-kitab klasik dari ulama-ulama yang terdahulu. Ponpes Madinatuddiniyah Nurul Musthofa juga sedang melakukan pengajuan pendidikan formal yang di selenggarakan secara Nasional